Die speurwerk agter die identifikasie van PepRSV in Suid-Afrika
Estimated reading time: 2 minutes
Dit is nie altyd eenvoudig om die oorsaak van defekte of siektetekens in plante te identifiseer nie. Net so uitdagend was die uiteindelike identifikasie van pepper ringspotvirus (PepRSV).
In Maart 2019 het ‘n kommersiële kweker ‘n diagnostiese monster ingedien met letsels (spraing) wat tipies met tabakratelvirus (TRV) of aartappelmoptopvirus (PMTV) geassosieer word, hoewel hierdie virusse destyds nog nie in Suid-Afrika voorgekom het nie.
Die monster het by Plantovita negatief getoets vir tamatiekromnekvirus (TSWV), aartappelvirus Y (PVY) en aartappelrolbladvirus (PLRV) – die virusse wat destyds uit ons toetsarsenaal beskikbaar was en nekrotiese siektetekens op aartappelknolle kan veroorsaak.
Die Landbounavorsingsraad het ensiemgekoppelde immunosorbent- of Elisa-toetse vir TRV en PMTV uitgevoer, maar al die uitslae was negatief. Elektronmikroskoop- of EM-foto’s wat deur personeel van die Universiteit van Pretoria (UP) geneem is, het wel die teenwoordigheid van viruspartikels bevestig. Die partikels het in twee lengtes voorgekom, soortgelyk aan dié van TRV.
Nuwe monsters, nuwe uitdagings
In Mei en Junie 2020 is nóg monsters met letsels, onderskeidelik uit die Oos- en Wes-Vrystaat, by Plantovita ingedien. Intussen het Plantovita ‘n toetsmetode ontwikkel om via polimerasekettingreaksie (PKR) te toets vir die virusse wat corky ringspot veroorsaak, asook TSWV, PVY, PLRV, PMTV en TRV. Al die toetsresultate was negatief.
EM-foto’s van UP het wéér die teenwoordigheid van staafvormige viruspartikels getoon, waarna Path Solutions in Stellenbosch genader is om die monsters met behulp van hoë-deurset volgorde-bepaling (next-generation sequencing) te analiseer. Danksy hierdie tegniek is die genoomvolgordes van PepRSV en PLRV opgespoor.
Die PKR-metode van Plantovita het PepRSV in beide monsters bevestig, en die teenwoordigheid van die virus in Suid-Afrika is aan die Nasionale Departement van Landbou gekommunikeer. – Anel Espach, Plantovita
Vir meer inligting, stuur ’n e-pos na anel@plantovita.co.za