Die DNS-verwysingsversameling by Plantovita beskik oor betroubare, tipe-egte kontrole-DNS vir profilering. Die versameling is ’n bate vir die aartappelbedryf en word deur Plantovita, ’n onafhanklike sleutelrolspeler, beheer. Volledige rekordhouding verseker dat die bewysketting vanaf die variëteite se eienaars of agente, tot by die profileringsuitkoms onbetwisbaar bly.
Hoe die versameling ontstaan het
Die DNS-verwysingsversameling wat in die Biobank by Plantovita gestoor word, het in Oktober 2023 tot stand gekom ná besluitneming in Nasionale Moerkomitee-geledere in Junie 2022.
Daar was kommer dat die bestaande DNS-verwysingsmateriaal wat vir die profilering (vingerafdrukke) van aartappelvariëteite gebruik is, by ’n eksterne diensverskaffer gesetel is, buite die aartappelbedryf se beheer en insae, en dat die geldigheid daarvan nie gewaarborg kon word nie.
Die bedryf het daarom die moontlikheid ondersoek van ’n DNS-verwysingsversameling eie aan en onder beheer van die aartappelbedryf. As ’n onpartydige regspersoon en kontrolerende laboratorium binne Aartappellaboratoriumdienste, was Plantovita die vanselfsprekende keuse om die DNS-verwysingsversameling te huisves.
Die doel van die versameling
Die Suid-Afrikaanse aartappel-DNS-verwysingsversameling bevat die DNS van variëteite wat reeds in die land verbou word of beskikbaar is vir verbouing. Die DNS is uit aartappelweefsel geëkstraheer, wat in hierdie geval hoofsaaklik die weefsel van in vitro-plantjies is.
Wetenskaplike analises soos toetse, ondersoeke en bepalings gebruik kontrolemateriaal om die interpretasie van resultate sinvol te maak. Dit geld ook vir die DNS-profilering van aartappelmateriaal. Die integriteit van die verwysingsmateriaal (kontroles) moet bo alle twyfel wees. ’n Verwysingsversameling bevat getipeerde materiaal wat as kontroles in profilering kan dien. Die versameling sluit ook geassosieerde inligting oor die opnames in, soos die oorsprong en eienskappe van variëteite, asook profileringsdata.
Alles begin by tipe-egtheid. Is die materiaal waaruit die DNS geëkstraheer word – wat vir stoor in die verwysingsversameling bedoel is en as ’n kontrole in profilering sal dien – werklik dié van ’n spesifieke variëteit? Hierdie sekerheid kom gewoonlik vanaf die teler, eienaar of agent van die materiaal.
Fenotipiese beskrywings van die variëteit (byvoorbeeld blomkleur, spruitvoorkoms, knoleienskappe, en plantvoorkoms) saam met die profileringsdata is deel van die geassosieerde inligting wat die identiteit van die variëteit bevestig. Sekerheid word versterk deur volledig gedokumenteerde prosesse waarin die bewysketting behoue bly.
Die bewysketting is besonder belangrik; dit is ’n ononderbroke rekord vanaf die oomblik van verkryging, deur ekstraksie en opberging, tot by gebruik in profilering. Streng kontroles en volledige dokumentasie beskerm die integriteit van die DNS. Sodoende bereik die DNS-verwysingsversameling sy doel: gekarakteriseerde, stabiele DNS wat herhaalbare uitkomste lewer, sodat die identiteit van ’n variëteit, hetsy bekend of onbekend, bepaal of bevestig kan word.
Die pad van opname tot buisies
Wanneer nuwe variëteite of klone vanaf ’n teler verkry, hernu of hervestig word, word die materiaal beskikbaar gestel vir opname in die verwysingsversameling, omdat genetiese verskille oor tyd mag manifesteer. Die Aartappelsertifiseringsdiens (ASD)-protokol vereis dat dit so gou as moontlik na verkryging of voordat dit op die Suid-Afrikaanse variëteitslys geplaas word, opgeneem word.
DNS kan uit enige plantweefsel geïsoleer word, maar in vitro-plantjies lewer die beste gehalte DNS. Aangesien in vitro-materiaal by Plantovita ingedien word vir die uitvoer van toetse, soos deur die Aartappelmoersertifiseringskema vereis word, maak dit prakties sin om gelyktydig materiaal in te dien vir opname in die verwysingsversameling.
Materiaal word in die verwysingsversameling opgeneem op versoek van die eienaar of agent van ’n kloon. ASD begin die proses en gedokumenteerde inligting word saam met die materiaal aan Plantovita beskikbaar gestel, sodat die bewysketting onbetwisbaar is. Die laboratoriumwerk kan dan begin terwyl volledig rekord gehou word:
- DNS word uit die helfte van die in vitro-plantjies geëkstraheer deur ’n standaardmetode te gebruik. Die DNS word in vyf replikate (buisies) teen ’n ultra-lae temperatuur van -80°C gestoor. Dit word beskikbaar gestel aan laboratoriums wat profilering doen, soos die Landbounavorsingsraad (LNR) en Cengen wat tans as diensverskaffers vir die aartappelbedryf optree.
- Die ander helfte van die plantjies word in kleiner stukkies verdeel en ook in replikate (buisies) in vloeibare stikstof gestoor. Dit dien as rugsteun sou die DNS-voorraad deur die diensverskaffers opgebruik word. Indien hierdie materiaal ook opgebruik word, sal die eienaar of agent van die variëteit gekontak word om weer materiaal van die betrokke kloon te verskaf.
Plantovita kan nie voortplantingsmateriaal uit die DNS of gestoorde stukkies plantmateriaal genereer nie. Volledige rekord word in al die stappe in hierdie proses gehou, sodat die naspeurbaarheid en bewysketting duidelik is.
DNS-profilering van ’n variëteit
Wanneer die identiteit van ’n aartappelvariëteit bepaal of bevestig moet word, word DNS-profilering gebruik. Die kliënt rig ’n versoek aan Plantovita om kontrole-DNS uit die verwysingsversameling aan een van die twee diensverskaffers beskikbaar te stel: die LNR of Cengen. Die versoek bereik Plantovita via ASD as deel van die sertifiseringsproses.
Wanneer profilering nie deel van die sertifiseringsproses vorm nie, rig die kliënt self die aansoek aan Plantovita of die laboratorium wat die profilering doen. ASD word by die kommunikasie ingesluit sodat die databasisse by Plantovita en ASD op datum gehou kan word. Plantovita verskaf die DNS teen ’n minimale fooi, en Cengen en die LNR verskaf die uitkoms direk aan die kliënt. – Anel Espach en Michelle Rossi, Plantovita
Vir meer inligting, stuur ’n e-pos na anel@plantovita.co.za